Obec Dobrá Voda sa nachádza v okrese Trnava, leží v severnej časti Malých Karpát, na juhovýchodnom okraji, vo vnútrohorskej Dobrovodskej kotlinke, obklopenej lesom, cez ktorú preteká potok Blava s prítokom Mariášom. Malé Karpaty patria do sústavy centrálnych západných Karpát. Sú v podstate pokračovaním Álp, patria k Alpsko-himalájskej sústave. Malé Karpaty tvoria v rámci Vnútorných Západných Karpát samostatnú jednotku a rozdeľujú sa na niekoľko jednotiek nižšieho rádu. V úseku medzi Trstínom a Vrbovým sú to tzv. Brezovské Karpaty. Majú zarovnaný povrch s plošinami vo výškach 350 – 450 m. časť pohoria budújú karbonátové horniny s krasovými plošinami. Vyhláškou Ministerstva kultúry SSR č. 64/1976 Zb. zo dňa 5. mája 1976 boli Malé Karpaty, na rozlohe 65 500 ha, vyhlásené za chránenú krajinnú oblasť – CHKO. V chotári obce sa nachádza Dobrovodský kras – krasové územie (80 km štvorcových), v ktorom sú zaujímavé krasové útvary: krasová vyvieračka Mariáš, občasná vyvieračka pod Bacharkou, jaskyne /neprístupné/ Klenová a Slopy, krasové jamy na Uhliskách a v Hlbokom dole, ponory a závrtové jazierka. Stred obce je vo výške 248 metrov nad morom a preteká cez ňu potok Blava, s prítokom Mariáš.
Malé Karpaty po geologickej stránke zaraďujeme medzi jadrové pohoria. Ich jadro je zložené zo starších geologických hornín. Zastúpené sú v nich predovšetkým kryštalické bridlice a žula. Obalené sú sedimentálnymi horninami druhohorného triasu, tiež jury a spodnej kriedy. Z rozmanitých sedimentov sú tu zastúpené predovšetkým rôzne odrody vápencov, dolomitov, kremeňov, slieňov i pieskovcov. Dnešnú podobu nadobudli Malé Karpaty treťohorným pohybom kôry, hlavne v neogéne – alpínske horotvorné pochody.
Brezovské Karpaty tvoria 20 km dlhú a 12 km širokú uzavretú vrchovinu. Budujú ju miocénne usadeniny, brekcie, zlepence, vápnité pieskovce, štrky a íly helvétu, triasové vápence a dolomity. Brezovské Karpaty tvoria okolo 500 m vysoké vrchy (Klenová – 585 m, Vrátna – 576 m, Červička – 425 m, Úval – 536 m, Vysoká hora – 558 m, a Kýčera – 430 m.)
Obec Dobrá Voda sa nachádza v Dobrovodskej kotline, priekopovej prepadline v Malých Karpatoch, v časti Brezovských Karpát, v pramenitej oblasti potoka Blavy, vo výškach od 220 do 320 m n. m.. Kotlina trojuholníkového tvaru je na severozápade ohraničená zlomovými svahmi z triasových vápencov a dolomitov. Výplň kotliny tvoria málo odolné, nepriepustné slienité íly helvétu. Odlesnený pahorkatinný povrch, pokrytý pararendzinou, je využívaný na polia, lúky a pasienky. Obec obklopuje planinový Dobrovodský kras, ktorý sa rozprestiera na ploche 80 kilometrov štvorcových, vo výške 430 – 450 m n. m.. Povrchový ráz Dobrovodského krasu je mierne zvlnený a jeho vápencový povrch je na mnohých miestach pokrytý hrubou vrstvou humusovej hliny. Dolomitové ostrovy sú bez tejto prikrývky. Z krasových foriem sú tu zastúpené predovšetkým primárne krasové zjavy: škrapy, závrty, krasové jamy a jaskyne. Najvýznamnejšie sú puklinová jaskyňa na severnom svahu Klenovej a 14 m dlhá priepasťovitá jaskyňa Slopy. Vyvieračky sú typickými povrchovými útvarmi tohoto krasu: Vitek, Dobrá Voda – Blava, Mariáš a Schovávací stok. Nazhromaždená voda v hlbinných dutinách cirkuluje v celých prúdivých potokoch, ktoré vytvárajú pod zemou v jaskynných labyrintoch jazierka alebo vytekajú mocným prúdom na povrch zeme ako vaukluské pramene. Z nich najvýdatnejšia je Dobrá Voda – Blava, ktorú tvoria tri pramene vyvierajúce priamo v obci pri kostole. Ich výtatnosť je 120 litrov za sekundu. Podzemný Dobrovodský kras dosiaľ nie je vo väčšom meradle objavený. Rozsiahly speleologický prieskum Dobrovodského krasu previedol v roku 1951 Dr. Anton Droppa.
Jaskyne a iné krasové zjavy sa vyskytujú len v horninách, ktoré sa vo vode rozpúšťajú. Je to predovšetkým vápenec, dolomit, sadrovec a soľ. Krasová zjavy na Slovensku sa vyvinuli vo všetkých horských skupinách, ktoré sú stavané z druhohorných triasových vápencov a spadajú do sústavy západných Karpát.Tab 2 Content Goes Here.

Celý chotár v pohorí sa skladá prevažne z triasových vápencov, (Dobrovodský kras), z mladších treťohorných zlepencov a pieskovcov tzv. jablonického typu. Dobrovodskú kotlinu vypĺňa tzv. karpatská formácia helvétu, čo sa odráža aj na zložení rastlinstva a živočíšstva.

Dobrovodská kotlina patrí do západokarpatskej kveteny, kde prevláda vplyv teplomilnej panónskej flóry. Kotlina je obklopená lesom, zloženým z dubových, bukových, smrekových a borovicových porastov. Kroviny sa uplatňujú prevážne len na okrajoch lesných celkov, na rúbaniskách, pri cestách a potokoch: maliny, černice, liesky, baza čierna, vŕby, atď.. Nachádzajú sa tu i jahody, huby a iné.
Veľmi bohatá a pestrá je kvetena chotára, ktorú môžeme rozdeliť podľa povahy chotára na flóru poľnú a horskú. Značnú časť chotára tvoria lúky a pasienky. Vykazuje značnú bohatosť druhov.

Z ekologického hľadiska väčšina druhov fauny patrí do formácie listnatého lesa a lesostepí. Žije tu pozoruhodné množstvo druhov mäkkýšov. Z hľadiska zdravotného treba upozorniť na hojný výskyt kliešťov. Na lúkach a pasienkoch pozorujeme veľké množstvo druhov kobyliek, koníkov, motýľov, chrobákov, mravcov, čmeľov atď..
Hojne sú zastúpené i obojživelníky, mloky, žaby i plazy.
Vtáctvo oživuje prírodu svojím spevom, čulým pohybom i farebnosťou.
Zverina v Malých Karpatoch i v rovinnej časti chotára je zastúpená (vysokou, čiernou i škodnou) zverou, ktorej počet sa neustále znižuje.
V jaskyniach žije špecifická jaskynná fauna, z ktorej sú najdôležitejšie netopiere.
V potokoch žijú viaceré druhy vodného hmyzu a rýb.

Obec leží v tektonickej línii, bola viackrát postihnutá zemetrasením.
Má hnedé, lesné a ilimerizované pôdy. Povrch a podnebné pomery spôsobujú nerovnomernú kvalitu pôdy. Chotár obce je dosť bohatý na stavebné suroviny, najmä hlinu, piesok a kameň, ktoré sa tu ťažili oddávna.
Územie má veľký dostatok povrchových i podzemných vôd a je zdrojom pitnej vody pre mesto Trnavu a okolie. Nakoľko okolité lesy zadržiavajú dostatok vlhkosti.

Obec sa nachádza v miernom klimatickom pásme a vyznačuje sa pravidelným striedaním ročných období. Priemerná ročná teplota dosahuje 7 – 8 °C. Priemerná februárová teplota klesá na – 2,5 °C. V júli priemerná teplota dosahuje 19 °C. Priemerný počet letných dní v roku /nad 25 °C/ je 45. Priemerný počet ľadových dní v roku /pod 0,1 °C/ je 40. Nadmorská výška obce ovplyvňuje podnebné pomery, zima tu trvá pravidelne zhruba o týždeň dlhšie ako na rovine, pri Trnave, aj sneh sa drží dlhšie vyše 40 dní so snehovou pokrývkou, a preto i jar sem prichádza neskoršie.
Zrážky bývajú výdatné, priemerne dosahujú 800 mm. ročne, ale ich rozloženie nie je vždy rovnomerné.

Vodstvo Dobrej Vody patrí do povodia Váhu. Rieka Blava je 47,5 km dlhý pravostranný prítok Dudváhu nižinného charakteru, ktorý odvodňuje túto časť Malých Karpát. Pramení na Dobrej Vode v nadmorskej výške 268 m n. m., při rímskokatolíckom kostole Narodenia Panny Márie. Juhovýchodne od Bučian tečie južným smerom a pri Vlčkovciach vo výške 126 m n. m. sa ústi do Dudváhu a ten potom do Váhu. Plocha povodia Blavy meria takmer 266,4 km štvorcových. Dlhodobý ročný prietok je 0,350 metra kubického za sekundu. Najvyšší prietok je koncom jari a najnižší koncom leta.
V dobrovodskom chotári sa nachádza veľké množstvo prameňov /42/, najznámejší je prameň Blava (90 l/s), pri rímskokatolíckom kostole Narodenia Panny Márie. V súvislosti s výstavbou vodovodu bola zrušená Hlávka – otvorený prameň – bol zabetónovaný a ohradený.
Rieka Blava sa v dokladoch v roku 1113 – Zoborská listina, uvádza ako “aqua Blavva“, roku 1229 aqua Balaua, roku 1258 aqua Baluva, a v roku 1268 ako rivus Boloua /Bolova/. Názov rieky Slovania pravdepodobne prevzali ešte od predslovanského obyvateľstva /Bl/ a pripojili k nemu len slovanskú príponu –ava /Belavá ?/ tak, ako sa to stalo aj pri názve rieky Nitra /Nitrava/. V minulosti v nej bolo mnoho rýb a rakov.
U ugrofínských strážcov na Dudváhu sa názov udomácnil vo forme Balavá. Neskoršie aj oni používali slovenský názov Blava.
V roku 1326 sal na Blave uvádza mlyn /super fluvium Balaua/.
Za Blavou je prameň Dežmar, pri ktorom kedysi komisia vyberala dežmu – poplatok /desiatok/. Pri vyberaní desiatkov dochádzalo často k sporom medzi dežmárom a poplatníkmi o tom, čo podlieha dežmovaniu. Dežmári sa snažili vybrať čo najviac druhov naturálnych produktov, dedinčania zase presný opak. Z toho vznikalo veľa nepríjemností. Kráľ Vladislav II. vo svojom 3. dekréte z roku 1498 nariadil z úrody poľnohospodárskych produktov –ovocia, vína, pšenice, ovsa, a domáceho zvieratstva vyberať desiatok. /Podľa ľudovej tradície jedna žena vraj zabila jedného dežmára – pána z vyberajúcej komisie a od tej doby vraj obec neplatila daň. Dežmári – pánski úradníci chodili po žatve z obce do obce a oddeľovali z úrody zemepánsky deviatok a cirkevný desiatok/. Na tom mieste stojí dnes pomník s nápisom: EX VOTO IOANES ONDREICOVICZ ANNO 1752 DIE 10 MAI. Prameň obložili okolo roku 1813 štvorhrannými kameňmi.
Smerom na severovýchod, asi 2 km pod horou, /330 m. n. m./ sa nachádza intermitujúci prameň, schovávací stoček – občasná vyvieračka Pod Bachárkou – chránený prírodný výtvor na výmere 3,47 ha, s výdatnosťou 20 – 120 l/s. /13 minút tečie a 18 netečie/. Podľa legendy sa prameň skrýva pred nepoctivými ľuďmi a nedá sa im napiť.

Vulkanickú činnosť prejavujúcu sa zemetrasením bolo v minulosti cítiť na Dobrej Vode viackrát. Dosiaľ najaktivnejším ohniskom zemetrasení na Slovensku je oblasť Brezovských Karpát pri Dobrej Vode. Chotár obce sa nachádza na krížení hlbinných zlomov. Analýza dát po roku 1700 ukazuje, že približne každých 50 rokov sa tu vyskytuje zemetrasenie s intenzitou v epicentre väčšou alebo rovnajúcou sa 6 stup. MSK – 64 /pociťujú ho ľudia, na budovách vznikajú menšie škody, zo striech padajú škridle a časti komínov/.
Najstaršie zaznamenané zemetrasenie bolo 25. januára 1348. V lančárskej cirkevnej matrike boli zaznamenané veľké zemetrasenia, ktoré postihli aj Dobrú Vodu 17. októbra 1805 a 15. júna 1815. Ďalšie zemetrasenia boli v rokoch 1763, 1810, 1897, 1904. Zatiaľ najväčšie bolo 10. januára 1906, (8,5 stup. MSK – 64) 7 minút po polnoci, ktoré trvalo niekoľko sekúnd (7). Zachvevy boli citeľné na ploche vyše 29 300 km štvorcových a za 9 mesiacov od hlavného otrasu sa vyskytlo vyše 100 menších, ľudskými zmyslami citeľných otrasov.
Od 10. januára – do 6. septembra 1906 bolo zaznamenaných 86 citeľných záchvevov počas 63 dní, s intenzitou 7 stup. MSK – 64, hĺbka ohniska bola 10 km, v priestore vrchu Kopec. Následkom otrasov sa poškodili takmer všetky budovy, kostol, škola i továreň. Zvláštny úkaz bol v továrni, kde sa jeden štvorboký komín prelomil a otočil o 45 stupňov, takže v mieste lomu tvoril osemuholník. Otras zo dňa 16. januára 1906 ho vrátil do pôvodnej polohy. O sile zemetrasenia svedčil i múr 190 cm vysoký, v ktorom boli pukliny až 25 cm široké. Pod Kopcom sa zosunula pôda v dĺžke 33 m, voda v Blave stúpla o 8 cm a prameň vydával hrdzavočervenú zakalenú vodu. Jej prítok Mariáš sa stratil a objavil až o rok. Zem sa na mnohých miestach popraskala do hĺbky 80 – 200 cm.
Zemetrasenia sa objavili aj v nasledujúcich rokoch, ale už nie v takej miere (1914, 1930, 1955). V 30-tych rokoch prežila obec veľké krupobitie, úroda bola úplne zničená.